Министерство магии — основное административное учреждение магов. Основная цель работы Министерства - не допустить, чтобы маглы узнали о существовании волшебников.
Вход из мира маглов в помещение Министерства магии находится на заброшенной улице с обветшавшими домами и парой заброшенных офисных зданий. Такое место выбрано специально для соблюдения секретности. Вход для посетителей — нерабочая телефонная будка. Человек должен зайти в будку и набрать номер 62442, затем представиться и указать цель прибытия. Ему будет выдан специальный значок, после чего пол будки опустится вниз и человек попадёт в огромный холл министерства, называемый также «Атриум». Также в Министерство Магии можно попасть посредством сети летучего пороха. Для этого в холле расположены специальные камины, на одной стороне холла они работают на «вход», на другой — на «выход». Здесь же сидит дежурный волшебник, у которого должны зарегистрироваться неработающие в Министерстве посетители.

Уровень 1:
Министр магии и вспомогательный персонал

На этом этаже расположены кабинеты министра магии, а также его заместителей и других руководящих чиновников.

Уровень 2:
Отдел обеспечения магического правопорядка

Представляет собой объединение полиции и органов правосудия.

Отдел обеспечения магического правопорядка включает в себя следующие подразделения:
Штаб-квартира авроров.

Группа обеспечения магического правопорядка
Подразделение, занимающееся выявлением случаев нарушения закона.
Сектор выявления и конфискации поддельных защитных заклинаний и оберегов.
Сектор борьбы с незаконным использованием изобретений маглов.
В обязанности сотрудников данного сектора входит регулирование применения магии к предметам, созданным маглами, а также выявление таких предметов. Это подразделение расположено в крохотном кабинете без окон. Основной задачей подразделения является изъятие заколдованных предметов из рук маглов, что часто требует проведения рейдов.
Сектор борьбы с неправомерным использованием магии.
Устанавливает наказание волшебникам за неуместное использование магии, за колдовство в неподходящее время или с нарушением магических законов. Это подразделение отвечает за расследование нарушений Декрета о разумном ограничении волшебства несовершеннолетних и Статута о секретности Международной конфедерации магов. Декрет регламентирует использование магии несовершеннолетними волшебниками и колдуньями, в то время как Статут о секретности запрещает волшебникам использовать магию в присутствии маглов или в маглонаселённых районах. Как только в Отдел поступает информация о нарушении Декрета, нарушителю поступает сообщение, в котором сообщается, какие меры будут предприняты Отделом. Как правило, волшебника, замеченного в нарушении первый раз, отпускают с предупреждением, в то время как в чрезвычайных ситуациях Сектор борьбы с неправомерным использованием магии предпринимает более серьёзные меры наказания.

Уровень 3:
Отдел магических происшествий и катастроф

Этот отдел отвечает за устранение вреда, нанесённого случайным волшебством. Включает в себя следующие подразделения:
Группа аннулирования случайного волшебства.
Это группа волшебников, обязанностью которых является устранение последствий «случайного волшебства», как то магия детей, ещё не умеющих контролировать свои способности, или магия взрослых волшебников, не подчиняющихся закону. Сюда же относятся «побочные» эффекты некоторых заклинаний, вызванные непреднамеренно, например, «расщеп» при трансгрессии.
Штаб-квартира стирателей памяти.
Стиратели памяти — это сотрудники Министерства магии, обязанностью которых является изменение памяти маглов, ставших свидетелями событий магического происхождения. Любой волшебник может произвести изменение памяти с помощью заклинания Забвения. Однако подобная практика не одобряется Магическим Сообществом, так как многие полагают, что модификация памяти должна производиться исключительно стирателями памяти.
Комитет по выработке объяснений для маглов. Данное подразделение занимается выработкой объяснений магических происшествий, которые не могут быть исправлены с помощью магии или воспоминания о которых не могут быть полностью удалены из памяти маглов. Также Комитет создаёт объяснения происшествиям, которым сами маглы не могут дать объяснения.

Уровень 4:
Отдел регулирования магических популяций и контроля над ними

Отдел занимается вопросами, связанными с различными магическими существами.
Отдел включает в себя следующие подразделения:
Подразделение зверей
Подразделение существ
Подразделение духов
Консультационное бюро по борьбе с вредителями
Управление по связям с кентаврами
Бюро регистрации и контроля вервольфов
Бюро по розыску и контролю драконов
Бюро распределения домовых эльфов
Комитет по избавлению от опасных существ

Уровень 5:
Отдел международного магического сотрудничества

Основной целью Отдела является налаживание международных контактов и привлечение волшебников всех стран к сотрудничеству.
Отдел международного магического сотрудничества включает в себя:
Международный совет по выработке торговых стандартов
Международное бюро магического законодательства
Британский филиал Международной конфедерации магов.

Международная конфедерация магов имеет много обязанностей, в частности, поддержание международного Статута о секретности. Из книг неизвестно, какой степенью власти обладает конфедерация магов, хотя, возможно, она является магическим аналогом ООН, призванным объединить все Министерства магии в мире. Известно, что конфедерация была создана в 1692 году. Именно в это время были проведены многочисленные важные законы, такие как, например, установление права волшебников на волшебные палочки. Возможно, конфедерация магов была вовлечена в противостояние Магического Сообщества и маглов во времена гонения волшебников.
Международная конфедерация магов была основана Пьером Бонаккордом, который и стал её первым президентом.

Уровень 6:
Отдел магического транспорта

Этот отдел отвечает за различные вопросы, связанные с магическим транспортом и включает в себя следующие подразделения:
Руководящий центр Сети летучего пороха.
Подразделение отвечает за установку и поддержание Сети каминов, а также за распространение летучего пороха. Сеть летучего пороха состоит из каминов, находящихся во всех волшебных домах, связанных между собой. Сеть позволяет перемещаться из одного камина в другой благодаря магическим свойствам летучего пороха.
Сектор контроля за мётлами
Портальное управление
Трансгрессионый испытательный центр.
Является магическим аналогом Агентства по лицензированию водителей и транспортных средств Соединённого Королевства. В этом центре выдаются лицензии волшебникам и колдуньям на право трансгрессии.

Уровень 7:
Отдел магических игр и спорта

Описан в книге как самый непринуждённый — стены коридора Отдела оклеены множеством плакатов, изображающих разнообразные команды по квиддичу. Одной из обязанностей Отдела является организация таких спортивных мероприятий как Чемпионат мира по квиддичу и Турнир Трёх Волшебников.
В состав Отдела магических игр и спорта входят следующие подразделения:
Штаб-квартира Британско-ирландской лиги квиддича
Официальный клуб игроков в плюй-камни
Сектор патентов на волшебные шутки

Уровень 8:
Атриум

Атриум представляет собой длинный зал с «паркетным полом, отлакированным до блеска». На синем потолке Атриума появляются и исчезают различные золотые символы, представляя таким образом некую доску объявлений. В стены зала встроено множество каминов, позволяющих сотрудникам Министерства перемещаться с помощью летучего пороха из дома на работу и обратно.
Посреди Атриума расположен фонтан Волшебного братства, украшенный золотыми статуями волшебника, ведьмы, кентавра, гоблина и домового эльфа, установленными в центре круглого бассейна. Статуи волшебника и колдуньи расположены в центре группы, а другие «низшие существа» смотрят на них снизу вверх с обожанием. Такая ситуация весьма далека от реальности, так как кентавры, считая себя намного более разумными существами, нежели люди, предпочитают не иметь с ними ничего общего, и гоблины тоже плохо ладят с волшебниками; «убедительно выглядел только приниженно-подобострастный эльф-домовик.» Фонтан разделён на два бассейна, со статуей волшебника в одном и остальными существами в другом. Табличка возле фонтана гласит, что все брошенные в него монетки передаются больнице Святого Мунго.

Уровень 9:
Отдел тайн

Отдел тайн занимается изучением различных загадок, но практически вся работа Отдела засекречена. Немногие сотрудники Министерства знают, что на самом деле находится в этом Отделе. Волшебников, работающих в Отделе тайн, называют невыразимцами. Так как деятельность Отдела тайн является засекреченной, это подразделение Министерства магии напоминает реально существующие ЦРУ и СИС, работа которых также держится в строгой секретности от простого населения. Однако сотрудники Отдела тайн скорее являются учёными, стремящимися постичь источники и законы магии.

Отдел работает над разгадкой тайн смерти, времени, мыслей и любви, а также записывает и хранит все когда-либо сделанные пророчества.
Отдел тайн состоит из следующих комнат:
Круглая комната с вращающимися стенами. Как только все двери в ней закрываются, стены начинают вращаться, тем самым сбивая находящихся в ней с пути и заставляя забыть, в какую дверь они вошли. Возможно, эта техника является своеобразной охраной от тех, кому быть здесь не положено. Если вслух произнести место, в которое нужно попасть, откроется соответствующая дверь.
Комната мозгов. Описывается как длинное прямоугольное помещение, в центре которого расположен аквариум с зелёным раствором и плавающими в нём мозгами.
Комната смерти. Большая прямоугольная, тускло освещённая комната. По кругу комнаты расположены ступеньки, ведущие вниз, образуя подобие ямы. На дне ямы на каменной платформе расположена древняя, покрытая трещинами арка, проём которой закрыт чёрным колышущимся занавесом.
Комната времени. В этой комнате находятся многочисленные часы всевозможных видов, а также маховики времени, позволяющие носителю вернуться назад в прошлое на заданный промежуток времени. Также в комнате находится искрящийся хрустальный сосуд, внутри которого всё постепенно становится моложе и моложе, а затем также возвращается в исходное состояние. Процесс этот идёт бесконечно.
Комната планет. Описана как тёмная комната, в которой парят планеты Солнечной системы. Посетители комнаты также начинают летать в воздухе.
Запертая комната. Это комната в Отделе тайн, которая всегда закрыта, и её нельзя отпереть ни заклятием Алохомора, ни волшебным отпирающим ножом. По словам Альбуса Дамблдора, за этой дверью находится самая загадочная из всех тайн, которые люди пытаются раскрыть. Он говорит об этом так:

Зал пророчеств. Представляет собой огромное помещение с высоким, как в соборе, потолком, уставленное бесконечными рядами стеллажей, на полках которых хранятся пыльные стеклянные сферы — магические записи пророчеств. Они защищены с помощью магии, поэтому снять пророчество с полки может лишь хранитель Зала пророчеств, либо тот человек, о котором сделано это предсказание. Остальные же могут пострадать от минутного сумасшествия. Если сфера с предсказанием разбивается, заключённое в ней пророчество произносится, после чего она становится бесполезной.

Уровень 10:
Залы суда

Расположены на самом нижнем уровне Министерства, куда не ходят даже лифты, поэтому добраться до зала суда можно, только спустившись по лестнице.

Визенгамот

Верховный суд магов и волшебников. Заседания могут проводиться в полном составе судебной коллегии и в сокращённом (если дело считается незначительным). Серьёзные дела слушаются обычно в зале номер 10 в подземелье министерства магии, специально приспособленном для судебных заседаний. На нижней площадке зала стоит кресло с цепями на подлокотниках, по желанию председателя цепи могут ожить и прикрутить обвиняемого. Если обвиняемых несколько, для каждого появляется отдельное кресло с цепями. От площадки трёхсторонним амфитеатром поднимаются ряды кресел. Ряды справа и слева от кресла обвиняемого предназначены для зрителей. Ряды, к которым кресло повёрнуто лицом — для судебной коллегии.
Полный состав Визенгамота насчитывает около пятидесяти членов. Форма для судей — мантии сливого цвета с вышитой буквой «В».